Die Gründung des Wiener Bürgerspitals erfolgte vermutlich um die Mitte des 13. Jahrhunderts, spätestens 1257 hat es nachweislich bestanden. Damit stellt es das älteste Bürgerspital auf dem Gebiet des heutigen Österreich dar. Das 1. Bürgerspital vor dem Kärntnertor hatte den Versorgungsauftrag für alle Menschen– für Findelkinder, Arme, Kranke, Wöchnerinnen und Pilger - und wurde von den Bürgern selbst gegründet. Als Hauptbegründer wird Otto vom Hohen Markt angesehen, der ein angesehener Richter im mittelalterlichen Wien war, es wird aber auch ein Arzt namens Meister Gerhard (1208) genannt. Geweiht wurde das Spital zu Ehren der Jungfer Maria und aller Heiligen. Im Spital konnten bis zu 200 Kranke behandelt werden. Da jeder behandelt wurde, war es die 1. zentrale Versorgungseinrichtung der Stadt. Allerdings standen – je nach finanziellen Möglichkeiten der Patienten – auch Varianten zur Verfügung, den Aufenthalt angenehmer zu gestalten: Reiche Bürger mussten nicht in den großen Sälen liegen, sie konnten sich private Apartments mieten, die sogar mit einem Koch für bessere Verpflegung ausgestattet wurden – der Vorläufer des heutigen Sonderklassemodells war geboren. Gegen weitere zusätzliche Kosten wurden auch spezielle Ärzte und Hebammen, sowie persönliche „Abtritt-Entlehrer“ bereitgestellt. Ganz schlimm traf es aber die ärmeren Bewohner der Stadt. Sie mussten sich oft zu dritt ein Spitalsbett teilen und die Hygiene dort war eine Katastrophe. Das Bürgerspital hatte keinen guten Ruf. Der Bader sollte sich um die Kranken kümmern, hier und da kam ein junger Schulmediziner vorbei. Lange Zeit nur in der Theorie ausgebildet, waren die Absolventen der medizinischen Fakultät der Uni Wien ungeeignet für praktische Behandlungen. Das ab dem 16. Jahrhundert entstandene Wiener Bürgerspital am Schweinemarkt war ein großer Gebäudekomplex, der sich nördlich des heutigen Albertinaplatzes (früher: Spitalplatz) vom heutigen Lobkowitzplatz (früher: Schweinemarkt) bis zur Kärntner Straße erstreckte. Das riesige Bürgerspital war, bis zur Eröffnung des AKH im Jahr 1874, die größte Wohlfahrtseinrichtung Wiens: Es konnten 3000 Patienten betreut werden. Die Art der Betreuung passte sich dem Bedarf an, zum Beispiel wurde das Haus im 17. Jahrhundert mehrfach ein Pestlazarett. Schon Mitte des 16. Jahrhunderts fand hier die praktische Ausbildung von Medizinstudenten statt, es gab hier auch eine Abteilung für Wöchnerinnen.
Erst unter Kaiser Joseph II fällt ein entscheidender Entwicklungsschub der staatlichen Gesundheitsversorgung. Die Planung des Allgemeinen Krankenhauses 1784 entsprach absolutistischen Ansprüchen und stellte zugleich die Weichen für die Verbindung von Klinikbetrieb und medizinischer Forschung.Die Grundlagen für die Erste Wiener Medizinische Schule wurden bereits 40 Jahre zuvor durch Maria Theresia geschaffen, und zwar 1745 durch die Berufung von Gerard van Swieten als ihren Leibarzt. Unter Kaiserin Maria Theresia und deren Berater Gerhard van Swieten wurde das Medizinstudium reformiert. Die Pockenimpfung wurde eingeführt, der Mediziner Leopold Auenbrugger erfand in Wien die Perkussion. (Ist eine Untersuchungsmethode, bei der der Körper vom Arzt abgeklopft wird). Sektionen hatte es schon seit dem 15. Jahrhundert, allerdings nur vereinzelt, gegeben. Der Henker musste die Körper liefern und zweigte dabei auch etwas Menschenfett ab, welches er ausließ und als Hautsalbe an Kranke verkaufte.
Den angesehenen, an der Universität geprüften Medici, standen jahrhundertelang die weit weniger angesehenen Bader, Balbierer und Chirurgen gegenüber, die Wundärzte und Feldschere, die ihr Handwerk bei einem Meister erlernt hatten. Wer von ihnen nicht selbst Meister wurde oder bei einem solchen arbeiten durfte, ging zum Militär oder zog als fahrender Heilkünstler durchs Land, genau wie viele selbsternannte "Doktoren“, die sich ihre Kenntnisse auf irgendeine Art selbst verschafft hatten. Noch bis ins 19. Jahrhundert waren die Menschen ihren Krankheiten und Verletzungen hilflos ausgeliefert, ebenso hilflos standen die Heiler – ob promoviert oder nicht – am Krankenbett. Das änderte sich erst mit den modernen Errungenschaften Antibiotika, Narkose und Asepsis.
Die ehemalige k&k Hofapotheke (bis1987 in Betrieb) findet man links neben den Ställen der Hofreitschule in der Reitschulgasse, die überdacht ist, ein Multishop mit kaiserlicher Atmosphäre. Die Geschichte der Hofapotheke lässt sich bis 1744 zurückverfolgen als Maria Theresia den Hof aufrief die Apotheke “Zum Goldenen Stern” zu erwerben. Nach diesem erfolgten Kauf wurde die Apotheke zur Hofapotheke umgewandelt.
Im Orellischen Haus am Franziskanerplatz lebte und ordinierte der Pestarzt Paul de Sorbait. Er war ab 1654 Professor für Medizin an der Universität Wien und 1668 Rektor. Sorbait erkannte die Gefahr von Feuer und Räucherungen zur Bekämpfung der Pest, da der Wind sich plötzlich drehen konnte. Es sei deshalb wichtig, fernab der Zivilisation zu verbrennen und manchmal sei es sogar besser, die verpesteten Dinge einzugraben, wenn die Windrichtung unbeständig sei. Seine Bemühungen, durch hygienische Maßnahmen die Pest zu bekämpfen, konnten allerdings den Ausbruch der Großen Pest in Wien von 1679 nicht verhindern.
Zur Jahreswende 1678/79 traten in der Leopoldstadt einige Fälle von Beulenpest auf. Unter den vielen Pestepidemien, die Wien heimsuchten, sollte die des Jahres 1679 die verheerendste sein. Die hygienischen Bedingungen in der Stadt boten einen idealen Nährboden für Seuchen aller Art: Mit dem Aufstieg Wiens zu Residenzstadt war die Zahl der Einwohner auf etwa 70.000 (in Stadt und Vorstädten) angestiegen. In der Zeit der osmanischen Bedrohung drängten die Menschen in den Schutz der von massiven Festungsanlagen umgebenen Innenstadt. Schrecklich verschmutzte Abwässer fielen an. Soldaten der großen, gegen die Osmanen eingesetzten, Truppenkontingente fungierten als Überträger von Krankheiten, ebenso wie die vielen Tagelöhner, die zu Zeiten der Weinlese nach Wien geholt wurden. Um den Stephansdom herum und darunter gab es ein hygienisches Problem, den sogenannten Stefansfreythof und die Katakomben.
Immer noch gab es in der engen Altstadt Friedhöfe, jener bei St. Stephan wurde erst ab 1732 nicht mehr belegt. Zusätzlich zur 1565 in Betrieb genommenen städtischen Wasserleitung, die Wasser aus Hernals in die Stadt brachte, standen zahlreiche Hausbrunnen in Benützung, deren Wasser durch die Jauchegruben und das verschmutzte Sickerwasser verseucht waren. Aufforderungen an die Wiener Bürger, Müll, Unrat und Tierkadaver nicht auf die Straße zu werfen, zeugen davon, dass dies offenbar gängige Praxis war.
Zwar hatte man schon 1540 anlässlich einer Pestepidemie einen Seuchenarzt bestellt und ein „Pestbüchlein" mit Verhaltensanweisungen veröffentlicht, doch zur konsequenten Durchsetzung entsprechender Maßnahmen kam es nicht. Auch die kaiserliche Infektionsordnung aus dem Jahr 1551, in der vorgeschrieben wurde, Krankheitsfälle zu melden und die Kontaktpersonen Erkrankter unter Quarantäne zu stellen, brachte nicht die gewünschte Wirkung.
Ab der Mitte des 16. Jahrhunderts wurden nicht nur die Infektionsordnungen häufiger, es zeichnete sich auch ein Umdenken ab: Hatten die Menschen des Mittelalters die Seuche als Strafe Gottes gedeutet, die man durch Änderung seines moralischen Verhaltens abwenden könne, wurde die Pest nun als ansteckende Krankheit gesehen, der man durch hygienische Maßnahmen beizukommen versuchte. Die Verordnungen warnten vor unmäßigem und sittenlosem Leben, neben moralischen Belehrungen waren aber auch medizinisch sinnvolle Anweisungen zu finden. Der eigentliche Übertragungsmechanismus der Pest – von Ratten über Flöhe auf Menschen – war damals allerdings noch nicht bekannt.
Als jedoch Anfang 1679 in Wiens Vorstädten erneut Pestfälle auftraten, schienen alle nützlichen Anweisungen vergessen. Zunächst versuchte man die Seuche zu ignorieren und bestritt, dass es sich bei den Toten um Pestopfer handle. Vergeblich bestürmte Paul Sorbait die Behörden, die erforderlichen Maßnahmen zu setzen. Seine im Jänner dieses Jahres veröffentlichte Pestordnung war auf dem letzten Stand der medizinischen Erkenntnisse der Zeit. Bei konsequenter Umsetzung dieser Vorschriften hätte die Katastrophe zumindest eingedämmt werden können. Doch allen Warnungen zum Trotz wurden im Frühsommer noch 4 feierliche Einzüge von Gesandten veranstaltet, alle von großen Volksaufläufen begleitet, die die Ausbreitung der Seuche natürlich begünstigten.
Paul de Sorbait erkannte bereits 1679 in seiner "Pest-Ordnung", dass hygienische Maßnahmen unerlässlich für die Eindämmung der Krankheit sind.
„Nachdem die Erfahrung mit sich bringt, dass Sauberkeit ein sonderbar nützlich und notwendiges Mittel ist, sowohl die Einreissung der Infektion zu verhüten, als auch dieselbe abzuwenden: Herentwegen (=Deshalb) die Unsauberkeit solches Übel verursacht und erhaltet. So ist Unserer ernstlicher Befehl, dass Erstens kein Blut, Eingeweide, Köpfe und Beiner von dem abgetöteten Vieh, noch auch Kraut-Blätter, Krebs, Schnecken, Eyerschallen oder anderen Unflat (=Abfall, Mist) auf denen Gassen und Plätzen ausgegossen: Ingleichen keine todte Hund, Katzen oder Geflügel auf die Gassen geworfen, sondern ein und anders vor die Stadt hinausgetragen werden.“
Im Juli – nach Hunderten Todesfällen – konnte die Gegenwart der Pest nicht mehr geleugnet werden: Die kaiserliche Familie verließ die Stadt; wer konnte, folgte ihr. Die Gassen Wiens boten ein Bild des Grauens: Man kam mit der Beerdigung der Toten nicht mehr nach, oft lagen diese tagelang in den Straßen, schließlich wurden Häftlinge zur Bestattung der Leichen gezwungen. Da das Ausheben von Einzelgräbern längst nicht mehr möglich war, wurden die Toten, mit Kalk übergossen, zu Hunderten in Gruben vor den Stadtmauern geworfen. Im Pestlazarett im Bereich des heutigen Arne-Carlsson-Parks am Alsergrund wurden die Pestkranken untergebracht und versorgt. Im August erlagen der Pest etwa 2.000 Menschen, im September erreichte die Epidemie mit mehr als 3.000 Toten ihren Höhepunkt, im Oktober waren es immer noch geschätzte 2.700 Todesfälle. Anhand der Totenprotokolle sind 7.196 Pestopfer nachweisbar, insgesamt dürfte die Seuche in Wien aber 12.000 bis 15.000 Menschen hinweggerafft habe. In Schätzungen, die auch die Toten im Wiener Umland mit einrechnen, werden Zahlen zwischen 30.000 und 50.000 genannt. Zeitgenössische Berichte zeugen aber vom grauenhaften Eindruck, den das massenhafte Sterben in den Straßen und Gassen Wiens bei den Überlebenden hervorgerufen haben muss. Erst der Einbruch der kalten Jahreszeit konnte die Epidemie eindämmen, im April 1680 forderte sie die letzten Opfer.
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